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Text File  |  1995-07-25  |  2.9 KB  |  51 lines
  1. *******************************************************************
  2. * Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site *
  3. *******************************************************************
  4.  
  5. Aminotransferases  share certain mechanistic features with   other  pyridoxal-
  6. phosphate dependent enzymes, such as  the  covalent  binding of the pyridoxal-
  7. phosphate group  to  a  lysine  residue.  On the basis of sequence similarity,
  8. these various  enzymes  can  be  grouped [1,2] into subfamilies. One of these,
  9. called class-III, currently consists of the following enzymes:
  10.  
  11.  - Acetylornithine aminotransferase (EC 2.6.1.11) which catalyzes the transfer
  12.    of an amino group  from  acetylornithine  to  alpha-ketoglutarate, yielding
  13.    N-acetyl-glutamic-5-semi-aldehyde and glutamic acid.
  14.  - Ornithine aminotransferase (EC 2.6.1.13),  which  catalyzes the transfer of
  15.    an amino group from  ornithine to alpha-ketoglutarate, yielding glutamic-5-
  16.    semi-aldehyde and glutamic acid.
  17.  - Omega-amino acid--pyruvate aminotransferase (EC 2.6.1.18), which  catalyzes
  18.    transamination between a variety  of omega-amino acids, mono- and diamines,
  19.    and pyruvate. It plays a pivotal role in omega amino acids metabolism.
  20.  - 4-aminobutyrate aminotransferase  (EC 2.6.1.19) (GABA transaminase),  which
  21.    catalyzes the transfer of an amino group from  GABA to alpha-ketoglutarate,
  22.    yielding succinate semialdehyde and glutamic acid.
  23.  - DAPA aminotransferase (EC 2.6.1.62), a bacterial  enzyme (gene bioA)  which
  24.    catalyzes an   intermediate  step  in   the  biosynthesis  of  biotin,  the
  25.    transamination  of  7-keto-8-aminopelargonic  acid  (7-KAP)  to   form 7,8-
  26.    diaminopelargonic acid (DAPA).
  27.  - 2,2-dialkylglycine  decarboxylase  (EC 4.1.1.64),  a   Pseudomonas  cepacia
  28.    enzyme (gene dgdA) that  catalyzes  the decarboxylating  amino  transfer of
  29.    2,2-dialkylglycine and  pyruvate  to  dialkyl  ketone,  alanine  and carbon
  30.    dioxide.
  31.  - Glutamate-1-semialdehyde aminotransferase (EC 5.4.3.8) (GSA).  GSA  is  the
  32.    enzyme involved in  the second step  of  porphyrin biosynthesis, via the C5
  33.    pathway. It  transfers    the  amino  group  on  carbon  2  of glutamate-1-
  34.    semialdehyde to the neighbouring carbon, to give delta-aminolevulinic acid.
  35.  
  36. The sequence around the pyridoxal-phosphate  attachment site  of this class of
  37. enzyme is sufficiently conserved to allow the creation of a specific pattern.
  38.  
  39. -Consensus pattern: [LIVMFYW](2)-x-D-E-[LIVMA]-x(2)-[GP]-[LIVMFYWAG]-x(0,1)-
  40.                     [ASR]-x-[SAGD]-x(12,16)-D-[LIVMFYW]-x(3)-[SAG]-K-x(3)-
  41.                     [STAGN]-[GA]
  42.                     [K is the pyridoxal-P attachment site]
  43. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  44. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  45. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  46.  
  47. [ 1] Bairoch A.
  48.      Unpublished observations (1992).
  49. [ 2] Yonaha K., Nishie M., Aibara S.
  50.      J. Biol. Chem. 267:12506-12510(1992).
  51.